Die bereits angeschafften Hefte anders als zuvor zu verwenden, dürfte kein Problem sein. Das muss dann dann nur erläutern und umsetzen.
3 Mappen für die Teilbereiche zu haben, wäre mir zu lästig, zumal ich eher übergreifend arbeite. Davon würde ich in der 5. Klasse auch ausgehen.
Aber wenn es dir so wichtig ist, kannst du doch nach den Ferien 2 weitere Mappen einfordern.
Solltest du die Schule wechseln, würde ich zuvor Rücksprache halten, ob es da irgendwelche Farb-Absprachen gibt.