Da der erste Durchgang ja nicht gewertet worden ist, erhält er wiederum ein Zeugnis der Jahrgangsstufe, die er aktuell abgeschlossen hat.
Auf dem Zeugnis am Ende des Schuljahres, das wiederholt werden sollte, durfte ja auch kein "Versetzungs-/übergangsvermerk" gestanden haben. Es hätte auf diesem zeugnis ja auch der Vermerk (Bemerkung) angebracht werden können, dass der Schüler auf Antrag der eltern und mit Beschluss der Zeugniskonferenz die Klasse wiederholt?
Wenn Du wirklich ein Problem hast, dann muss das die SL klären. Wenn die das nicht rechtsverbindlich beantworten kann, dann muss die SL eben die zuständige Schulaufsicht mit dem Fall behelligen. Die Prüfung solcher Angelegenheiten gehört nämlich zu dem Zuständigkeitsbereich, für den die ihr Geld kriegen.