Wie du nun vorgehst, hängt davon ab, wie wichtig die Kopfzeilen sind. Wenn es dir nur wichtig ist, hinterher ein Dokument zum Drucken zu haben, dann verwende weiterhin die diversen Dokumente und generiere eine PDF-Datei.
Die Fußleisten kannst du so einstellen, dass die Nummerierung fortlaufend stattfindet.
Gruß
binzo
P.S.: Mit OpenOffice/StarOffice könntest du diese Klippe sicher einfacher umschiffen.
EDIT: Suche einfach einmal bei
www.google.de unter der Phrase "Office-Forum Word Fußnoten".