Hallo,
vielleicht helfen dir auch folgende Programme weiter. Zum einen habe ich mich selber an einem Art Formelmaker versuch, der kostenlos ist, aber leider nicht in 3D darstellt. Du findest ihn hier:
http://netchemie.de/netchemie/index.php?c=downs
Im Forum der Seite ist daneben ein sehr tolles Programm zum Erstellen von Strukturformeln eingebunden. Damit kannst du Strukturformeln auch in 3D darstellen und als Bild speichern. Allerdings müsstest du dich dafür (unverbindlich und kostenlos natürlich)im Forum anmelden.
http://forum.netchemie.de/v2/
Gruß, Netscience