Es gibt eine Informationspflicht der Eltern. Nach drei Tagen spätestens müssen sie mitteilen, dass das Kind krank ist, damit die Schule sich darauf einrichten kann. Das müssen sie auch tun, wenn sich die Krankheitsdauer verändert. Vielleicht ist das ein Ansatzpunkt.
Eine ganz andere Frage ist, warum das Kind so oft krank ist. Kann es auch an der Überforderung in der Schule liegen? Wenn die Klasse schon einmal wiederholt wurde und im Wiederholungsjahr die Leistungen wieder oder immer noch schlecht sind, steht ein Kind mächtig unter Druck. Und den kann man nur abbauen, wenn eine geeignete Beschulung gefunden wird.

Hattest Du nicht erwähnt, dass der Knabe Attestpflicht hatte?

in dem Fall sind die "selbstgezimmerten" Entschuldigungen hinfällig. Im einfachsten Fall begnügt sich die schule mit einer ärztlichen Mitteilung von wann bis wann der Unterrichtsbesuch nicht möglich ist (ähnlich der AU für Arbeitnehmer) oder die Schule besteht auf einem Attest, das auch noch gebührenpflichtig ist. Hinzu kommt dass im Attest der Grund für die beurlaubung/das fernbleiben vom Unterricht genannt werden muss. Dieser Befund kann die Schule ggf. auch vom Amtsarzt überprüfen lassen, wenn sie einen begrüdeten verdacht hat.

ist ein "hoheitlicher Rechtsakt" und kann deswegen auf dem rechtsweg der Verwaltungsgerichtsbarkeit eingeklagt werden.
Da spielen pädagogische Argumente kaum eine Rolle, sondern nur formaljuristische.
War z.B. die Ankündigungsfrist eines großen (so heißt das jetzt in BY) Leistungsnachweises jeweils gegeben?
Wurden Inhalte abgeprüft, die der Schüler noch nicht nachgeholt haben konnte?
usw.
Eine Möglichkeit sehe ich:
Die Schulleitung bietet ein Gespräch mit den Eltern an, erklärt, dass in diesem Ausnahmefall eine erneute Wiederholung möglich sei, wenn die Eltern im Gegenzug ihre Klage zurückziehen. Eine Versetzung würde ja dem Kind schaden, da es eben doch enorme Leistungsrückstände hat und ein Anschluss in der höheren Klasse sehr schwierig wäre. Interessant wäre auch die Art der Krankheit? Könnte da eine Überforderung dahinter stecken? Mobbing? Überbehütung (=Helikoptereltern)?
Oder war es nur eine temporäre Krankheit, bei der die Chance besteht, dass der Schüler die Rückstände aufholt?
Welche Fördermaßnahmen könnten dann greifen?
Das sind aber Gedanken, die den juristischen Prozess nicht tangieren, höchstens als Beleg dafür, dass die Schule alles mögliche getan hat und noch tun wird.
Wie schon oben öfters gesagt:
Genaue Dokumentation der Einzelleistungen, ihrer Gewichtung und der genauen Umstände (Ansage, fielen andere Fächer durch das Nachschreiben aus, in denen es dann auch die 5 gab...).
Und dann auf einen Richter hoffen, der das Wohl des Kindes im Auge hat.
Und mit der Entscheidung dann einfach leben!
rfalio

Wenn überhaupt den Widerspruch zurückziehen.

Noch ist das ganze im Widerspruchsverfahren. Und Widerspruchsbehörde ist nicht die Schule sondern die Bezirksregierung/Schulaufsicht. Warum sollten die einen Kuhhaandel mit den Eltern eingehen?